Selasa, 12 April 2016
Dua setengah tahun kemudian, Naruto
kembali dari latihan dengan Jiraiya. Organisasi kriminal bernama Akatsuki, yang
salah satu anggotanya adalah Itachi, mulai mengincar Jinchuuriki, termasuk
Naruto, untuk mengambil Bijuu dari tubuh mereka.
Beberapa ninja dari Konoha, termasuk Tim 7, berperang melawan anggota Akatsuki
dan mencari rekan mereka, Sasuke.
Akatsuki berhasil menangkap tujuh Jinchuuriki yang akhirnya tewas setelah proses pengambilan Bijuu, kecuali Gaara, Jinchuuriki dari Ichibi yang hidupnya diselamatkan oleh nenek Chiyo menggunakan jurus terlarang dengan mengorbankan nyawanya dan dibantu dengan chakra Naruto. Sementara itu, Sasuke mengkhianati Orochimaru dan menghadapi Itachi untuk balas dendam. Setelah Itachi tewas dalam pertempuran, Sasuke diberitahu oleh pengembang Akatsuki, yang kemudian menjadi ketua setelah kematian Pain, yaitu Tobi bahwa Itachi diperintahkan oleh pejabat Konoha untuk membasmi klan Uchiha untuk mencegah kudeta kepada pimpinan Konoha, namun Itachi memberikan syarat bahwa Sasuke harus terhindar dari masalah ini. Sedih dengan pernyataan tersebut, Sasuke bergabung dengan Akatsuki untuk membunuh pejabat Konoha yang memerintahkan pembasmian klan Uchiha dan untuk menghancurkan Konoha demi balas dendamnya. Sementara itu, karena beberapa anggota Akatsuki telah dikalahkan, pengendali Pain, yaitu Nagato, memutuskan menggunakan Pain untuk turun langsung memburu Naruto sekaligus meluncurkan serangan terhadap Konoha untuk balas dendam. Namun, Naruto menebusnya dengan mengalahkan Pain dan menyadarkan Nagato, sehingga Naruto mendapatkan kekaguman dari penduduk Konoha.
Akatsuki berhasil menangkap tujuh Jinchuuriki yang akhirnya tewas setelah proses pengambilan Bijuu, kecuali Gaara, Jinchuuriki dari Ichibi yang hidupnya diselamatkan oleh nenek Chiyo menggunakan jurus terlarang dengan mengorbankan nyawanya dan dibantu dengan chakra Naruto. Sementara itu, Sasuke mengkhianati Orochimaru dan menghadapi Itachi untuk balas dendam. Setelah Itachi tewas dalam pertempuran, Sasuke diberitahu oleh pengembang Akatsuki, yang kemudian menjadi ketua setelah kematian Pain, yaitu Tobi bahwa Itachi diperintahkan oleh pejabat Konoha untuk membasmi klan Uchiha untuk mencegah kudeta kepada pimpinan Konoha, namun Itachi memberikan syarat bahwa Sasuke harus terhindar dari masalah ini. Sedih dengan pernyataan tersebut, Sasuke bergabung dengan Akatsuki untuk membunuh pejabat Konoha yang memerintahkan pembasmian klan Uchiha dan untuk menghancurkan Konoha demi balas dendamnya. Sementara itu, karena beberapa anggota Akatsuki telah dikalahkan, pengendali Pain, yaitu Nagato, memutuskan menggunakan Pain untuk turun langsung memburu Naruto sekaligus meluncurkan serangan terhadap Konoha untuk balas dendam. Namun, Naruto menebusnya dengan mengalahkan Pain dan menyadarkan Nagato, sehingga Naruto mendapatkan kekaguman dari penduduk Konoha.
Dengan kematian Nagato yang
merelakan nyawanya untuk menghidupkan kembali penduduk Konoha yang tewas, Tobi yang menyamar sebagai Madara
Uchiha, mengumumkan bahwa ia ingin mendapatkan semua dari sembilan Bijuu,
sehingga yang belum tertangkap hanya dua Bijuu lagi, untuk melakukan ilusi yang
kuat untuk mengendalikan seluruh umat manusia. Para Kage dari
lima desa ninja menolak untuk membantunya dan bekerjasama untuk menghadapi Tobi
dan sekutu-sekutunya. Hal ini menyebabkan perang dunia ninja keempat antara
pasukan aliansi dari seluruh desa ninja melawan Akatsuki. Naruto dan Killer
Bee, menolak untuk bersembunyi sebagaimana desakan para Kage. Ketika Naruto
muncul di medan perang, ia berhasil menghancurkan topeng Tobi yang terungkap
bahwa sebenarnya ia adalah Obito Uchiha, mantan kawan satu tim Kakashi dan
orang yang memberi Kakashi mata Sharingan. Di sebuah misi bersama Tim Minato,
Kakashi diselamatkan Obito dari kejatuhan batu di gua. Melihat keadaan
reruntuhan batu yang menimpa Obito, ia diduga telah mati dan namanya diukir
sebagai pahlawan di desa Konoha, Akan tetapi, terdapat fakta bahwa ia
diselamatkan oleh Madara Uchiha yang telah tua dan memutuskan bekerjasama
dengannya sejak kematian Rin. Setelah
Sasuke mengetahui sejarah Konoha dari para Hokage, termasuk keadaan yang
menyebabkan kehancuran klan-nya, ia memutuskan untuk melindungi desa dan
bergabung kembali kepada Naruto dan Sakura untuk menghentikan rencana Madara
dan Obito yang memanfaatkan Juubi. Namun, setelah Juubi dikalahkan, tubuh
Madara akhirnya dirasuki olehKaguya Ōtsutsuki,
seorang legenda leluhur ninja yang berniat untuk melenyapkan seluruh umat
manusia, dan Obito mengorbankan diri untuk membantu Tim 7 untuk menghentikan
Kaguya. Setelah Kaguya dikalahkan, Madara juga mati, tapi Sasuke memutuskan
untuk mengambil keuntungan dari situasi ini dan mengendalikan para Bijuu untuk
mewujudkan tujuannya mengubah sistem desa. Naruto menghadapi Sasuke untuk
menghentikannya, dan setelah mereka hampir saling membunuh dalam pertempuran
sengit, Sasuke mengakui kekalahannya, walaupun sebenarnya mereka imbang.
Setelah perang, Kakashi menjadi Hokage keenam. Lalu Sasuke dimaafkan dan ia
memutuskan untuk mengembara yang bertujuan untuk melihat dunia ninja yang telah
ia abaikan. Beberapa tahun kemudian, Kakashi pensiun
dan Naruto menggantikan jabatannya, menjadikan Naruto sebagai Hokage ketujuh.
